A Escola Autonomia foi fundada em agosto de 1991 por um grupo de 16 professoras que idealizavam uma escola diferenciada e atraente para os estudantes, com princípios humanistas, com propostas pedagógicas criativas e condizentes com a realidade contemporânea.
Em seu primeiro ano, a Escola atendia crianças a partir de três anos até o 5º ano do Ensino Fundamental. Já no ano seguinte, alugamos um casarão no bairro Agronômica, para atender também o segundo segmento do Ensino Fundamental (turmas até o 9º ano). Em 1998, ampliamos o atendimento até o Ensino Médio e em 2000 construímos a sede própria no bairro Itacorubi, contando atualmente com área territorial de 7.492,63 m² e 4.337,73 m² de área construída.
Em seus 30 anos de existência, vários novos projetos foram implementados conforme demandas emergentes. Em 2004, inauguramos o Núcleo de Tecnologia e Comunicação Autonomia, reafirmando o compromisso com a inovação nos processos educativos. Em 2005, implantamos o Projeto Transdisciplinar, consolidando a abordagem voltada à construção de valores e reafirmando desafios da educação ambiental e midiática.
