Com mais de quinze anos de existência, o Projeto Transdisciplinar é um dos pilares da educação da Escola Autonomia.

Ele acontece no contraturno dos 4ºs, 5ºs, 6ºs e 7ºs anos, em um espaço verde amplo e planejado, com árvores, sala de convivência, hortas, canteiros, gramado, bancos. É um local de experiências, onde os estudantes colocam a mão na massa, desenvolvendo projetos muito diferentes dos de sala de aula.

No Transdisciplinar, há uma valorização do trabalho coletivo, voltado para as questões ambientais. As crianças experimentam as mais variadas atividades, desde bioconstrução, cultivo de hortas, construção de canteiros, atividades com artesanato, dinâmicas de grupo e brincadeira.