O Ensino Médio Autonomia tem como principal objetivo consolidar e aprofundar os conhecimentos adquiridos no Ensino Fundamental, possibilitando ao adolescente atingir níveis mais elevados de abstração e ser capaz de estruturar um pensamento mais crítico e científico. Muito além da preparação para o vestibular, o nosso Ensino Médio propõe a formação de um adolescente que valoriza a liberdade e reconhece os direitos humanos, que respeita o outro e convive com as diferenças, que atua, critica e propõe soluções criativas e inovadoras, agindo como verdadeiro cidadão e ator da transformação social. Um sujeito cada vez mais autônomo, com condições de enfrentar a vida universitária e o posterior mundo do trabalho.
Nos dois primeiros anos, projetos dinâmicos permitem contextualizar, relacionar e experimentar e compreender os conteúdos das disciplinas. Já nesta etapa os alunos são preparados, por meio de exercícios e simulados, para compreensão e realização das questões propostas em vestibulares e ENEM. Além das aulas da manhã, há semanalmente, um período letivo vespertino.
No Terceiro Ano, apoiado em material didático especializado, o objetivo é completamente voltado para o ingresso no Ensino Superior. As aulas acontecem no período matutino e, todas as tardes, são oferecidas monitorias.